如何创建oplsaa.lt文件
来源:网络收集 点击: 时间:2024-08-05【导读】:
运用lammps里面的moltemplate包使用oplsua力场必定需要创建oplsaa.lt文件,因为现在最新的lammps-stable版本里已经删除了如何创建oplsaa.lt这个文件的txt文件,所以有必要通过百度经验分享给大家。工具/原料morelammps安装包Linux系统方法/步骤1/5分步阅读
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注意事项
首先到这个网址上,把这个网址的内容复制下来。http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm。粘贴到一个txt格式的文本文件里。

在Atom Type Definitions这部分,把你要粗粒化的原子留着不要动,其他的删除。其他部分不要动。保存起来,重命名为oplsaa_subset.prm。比如要粗粒化CH3和CH2基团,如下图所示。

把oplsaa_subset.prm这个文件放到lammps/tools/moltemplate/moltemplate/depreciated这个路径下。因为在这个路径下有另一个我们需要的文件,oplsaa_moltemplate.py文件。

打开终端,cd 到这个路径下,写入一行代码python oplsaa_moltemplate.py oplsaa_subset.prm。

当出现oplsaa.lt文件的时候说明你成功了。有了这个文件再加上构型文件就可以用moltemplate.sh创建data文件。

修改oplsaa_subset.prm文件的时候一定只能修改Atom Type Definitions这部分。
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