广告合作
  • 今日头条

    今日头条

  • 百度一下

    百度一下,你就知道

  • 新浪网

    新浪网 - 提供新闻线索,重大新闻爆料

  • 搜狐

    搜狐

  • 豆瓣

    豆瓣

  • 百度贴吧

    百度贴吧——全球领先的中文社区

  • 首页 尚未审核订阅工具 订阅

    如何创建oplsaa.lt文件

    来源:网络收集  点击:  时间:2024-08-05
    【导读】:
    运用lammps里面的moltemplate包使用oplsua力场必定需要创建oplsaa.lt文件,因为现在最新的lammps-stable版本里已经删除了如何创建oplsaa.lt这个文件的txt文件,所以有必要通过百度经验分享给大家。工具/原料morelammps安装包Linux系统方法/步骤1/5分步阅读

    首先到这个网址上,把这个网址的内容复制下来。http://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm。粘贴到一个txt格式的文本文件里。

    2/5

    在Atom Type Definitions这部分,把你要粗粒化的原子留着不要动,其他的删除。其他部分不要动。保存起来,重命名为oplsaa_subset.prm。比如要粗粒化CH3和CH2基团,如下图所示。

    3/5

    把oplsaa_subset.prm这个文件放到lammps/tools/moltemplate/moltemplate/depreciated这个路径下。因为在这个路径下有另一个我们需要的文件,oplsaa_moltemplate.py文件。

    4/5

    打开终端,cd 到这个路径下,写入一行代码python oplsaa_moltemplate.py oplsaa_subset.prm。

    5/5

    当出现oplsaa.lt文件的时候说明你成功了。有了这个文件再加上构型文件就可以用moltemplate.sh创建data文件。

    注意事项

    修改oplsaa_subset.prm文件的时候一定只能修改Atom Type Definitions这部分。

    粗粒化LAMMPS分子动力学模拟
    本文关键词:

    版权声明:

    1、本文系转载,版权归原作者所有,旨在传递信息,不代表看本站的观点和立场。

    2、本站仅提供信息发布平台,不承担相关法律责任。

    3、若侵犯您的版权或隐私,请联系本站管理员删除。

    4、文章链接:http://www.1haoku.cn/art_1067250.html

    相关资讯

    ©2019-2020 http://www.1haoku.cn/ 国ICP备20009186号05-06 21:37:32  耗时:0.025
    0.0249s