2011年2月1日，克莱按照计划被Abstergo的血系研究及获取部门抓住并以实验体16号的身份安排到韦迪克的实验室中，开始试验。克莱被迫长时间经历了他的祖先埃齐奥·奥迪托雷的记忆，受到了流血效应的影响。

韦迪克起初并未告诉他该计划的目的，但克莱很快发现圣殿骑士正在寻找埃齐奥的第六苹果的下落。当克莱向韦迪克询问此事时，韦迪克威胁他，如果他知道他们正在寻找什么，他不可能被放出来，但却又冷静地劝他无需担心，毕竟露西会保证克莱的安全，毕竟他们是一起的。

最终克莱发现了圣殿骑士的最终目的——Abstergo之眼，并决定离开这里。此时，流血效应已经生效，迫使他即便在Animus之外也经历了不少祖先的记忆。在某一次回忆的过程中，朱诺找到了他，并告诉他露西已经背叛了刺客，克莱注定死亡，并将信息传递给戴斯蒙德。

克莱听到后十分愤怒，不想接受，但朱诺却向他揭示了更多秘密。原来，为了让露西能够更容易地潜入圣殿骑士，多年来刺客组织一直刻意地疏远她，但他们并未料到，正是这刻意的疏远导致露西十分孤独，最终加入了圣殿骑士。得知此事后，克莱才接受了朱诺的话和自己即将扮演的角色。

最终露西也发现克莱得知自己背叛，并试图解释自己的行为，说威廉和刺客组织毫不关心在追逐目标的路上会有多少人的生活会被摧毁，但圣殿骑士却懂得。露西知道自己无法劝阻克莱，便按照原计划未帮助他逃脱，但她曾经答应要保证他的安全，所以还是尽力不让韦迪克知道克莱所得知的秘密。发现自己已经陷入困境后，克莱开始准备自己的死亡以及留给戴斯蒙德的信息。

克莱花了几个星期的时间详细地计划了自己的自杀，同时也在承受着韦迪克为了找到苹果而对他的虐待。最终，克莱在Animus程序中安置了一个类似自己的人工智能，将其切割成二十四块碎片，然后给他的父亲发了最后一封悠久。第二天，克莱用自己的血在房间里留下了许多神秘信息，然后由于失血过多而死。

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