酸菜不是纯粹的腌制食品，在制作过程当中，发酵是必不可少的。发酵的菌种以乳酸菌为主，还有一些其它菌种。这些细菌利用白菜当中的碳水化合物产生乳酸，所以酸菜口感有酸味。乳酸是无害的，大众担心的是腌制过程中会不会有硝酸盐超标。

确实，用大量盐的腌制食品都可能产生硝酸盐，酸菜也不例外。但是是否对身体健康有害，取决于硝酸盐的浓度。有研究发现发酵完全的酸菜硝酸盐含量很低，在安全范围内。而发酵不足的酸菜硝酸盐含量较高。所以制作得好的酸菜是安全的。

另外一个影响酸菜质量的是所用的盐，如果是食用盐就没问题。可是如果黑心商家用的是便宜的工业盐，那就有大问题了。

酸菜在腌制过程中会产生诱发癌症的亚硝酸化合物，而霉变的酸菜其致癌作用更为明显，食管癌居高不下的主要原因，就是长期大量的食用酸菜，发病率和食用酸菜的量和持续的时间成正比，不要长期大量的吃酸菜

尤其是已经霉变的酸菜更不能吃，不吃未腌制透的酸菜，因为没有腌制透的酸菜亚硝酸盐含量更高，所以酸菜的腌制时间不能少于20天

酸菜腌制过程中酸度高，所含的草酸进入肠道后，会与其中的钙质发生反应，在肾脏排泄时会产生不宜溶解和吸收的草酸钙而形成结石。