冬瓜种子具有明显休眠性，整个休眠期长达80天左右，加上其种皮厚、组织疏松且外被角质层，不易吸水，常常造成生产上种子萌发困难，田间缺苗断垄。

冬瓜种子中的脱落酸能促进种子休眠，抑制发芽，持续一段时间的高温，能使种子中的脱落酸降解，促进冬瓜种子萌发。经过试验冬瓜干种子在50~70℃水温下浸种4小时可以有效促进萌发，提高发芽率，其中70℃（4小时）水温浸种的发芽率最好，50℃（4小时）水温浸种，冬瓜种子萌发后根系活力最强；但在80℃水温以上的高温浸种会降低冬瓜种子的发芽率。

低温处理后的冬瓜种子发芽率和发芽势与对照相比没有显著差异，而且在置床发芽过程中，出现霉菌较多，说明浸种后的冬瓜种子不适合用低温处理促进萌发。

冬瓜干种子在高温处理时种皮失水收缩，清水浸种种皮膨胀，这种变化使高温处理后的冬瓜干种子在发芽过程易出现裂壳现象，需要注意。