大约在一亿年以前,地下岩浆由于地壳的变动而大量喷出,熔岩冷却时，蒸气和其他气体形成气泡。气泡在岩石冻结时被封起来而形成许多洞孔。很久以后，洞孔浸入含有二氧化硅的溶液凝结成硅胶。

含铁岩石的可熔成份进入硅胶，最后二氧化硅结晶为玛瑙。在矿物学中，它属于玉髓类，是具有不同颜色且呈环带状分布的石髓。通常是由二氧化硅的胶体沿岩石的空洞或空隙的周壁向中心逐渐充填、形成同心层状或平行层状块体。

目前最常见的天然天珠就是药师珠，药师珠又称圆线珠，外形多为扁豆型的珠身，而珠身中间有一条白色的条纹，每颗药师珠的纹路都是天然形成的，属于天珠族群的一种。

“药师珠”一名的由来，据说若在密封的小空间中，将药师珠握于手掌中心，令其珠体温度升高，一段时间后开启，则会自然散发出一股药香味道，因而得名。而传说中，药师珠还有疗病与避邪的功效。