元政府设置宣政院管理西藏地区军政要务，宣政院是元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关．从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域，从无一个朝代间断过。

宣政院分为两个部分，第一部分是中央管理机构，是西藏最高管理机构，主要负责西藏地方官员的举荐、任用，以及在西藏地方所有问题的管理。

第二部分是地方管理机构，一是“朵思麻宣慰司”，管辖今青海省大部、甘肃省南部及四川省阿坝一带；二是“朵甘思宣慰使司”，管辖今青海省玉树、四川省甘孜、云南省迪庆和西藏自治区昌都以及那曲专区的东部；三是“乌思藏宣慰司”，管辖乌思藏（即吐蕃王朝时的“卫藏四茹”）及其以西的阿里地区，也即是今西藏自治区所辖区域的大部。

宣政院设置，院使10员，从一品，同知2员，正二品，副使2员，从二品。