战斗的基本是回合制，大家先后出手。选择宝可梦的招式进行战斗，一方的宝可梦HP归零了就算战败。

在与野生宝可梦或者NPC的战斗中可以使用道具，与玩家之间的战斗就只能依赖战斗前就放在宝可梦身上的道具了。

每个宝可梦最多可以使用4个不同的招式，而每个招式都有一个叫做PP的数字，代表招式的可使用次数。

当宝可梦的所有招式的PP都用完的时候，选择战斗的话就会默认使用招式“挣扎”。

战斗中如果遇到了棘手的敌人，可以更换宝可梦、用对敌人有效的招式进行战斗。更换宝可梦来更加灵活的应对，这也是最重要的战斗思维之一。

本作中取消了前代的群战模式，但会出现“闯入对战”这个新玩法。闯入对战是指玩家在与野生的宝可梦战斗的时候

回合结束时该宝可梦有一定几率呼唤同伴。闯入对战中召唤的同伴一般是与自己在同一个进化链上的宝可梦。