工藤新一在大结局无法判断是否死亡，原因是工藤新一现在还没大结局。

他所在的剧场版名侦探柯南还在连载中，至少几年内应该还都结束不了。但是工藤新一的结局一定是好的，毕竟好人结局都是好的，应该不会被刀。按照剧场版的发展柯南最后应该可以永久变回工藤新一，工藤新一最后应该会和小兰结婚，美好的大结局。

工藤新一在和青梅竹马毛利兰一同去游乐园玩时，目睹黑衣组织成员秘密交易时而被偷袭，并被灌下名为“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成7岁小学生的模样。之后寻求阿笠博士的帮助，在被小兰询问自己名字时，化名为江户川柯南。

工藤新一的角色经历

新一在解决发生在米花水族馆的事件时不小心把小兰新买的手机弄坏了。作为赔礼，在与小兰去游乐园时无意间目睹了黑衣组织暗中进行的非法交易，被偷偷接近的组织成员同伙打昏后灌下黑衣组织尚在研发中的药物APTX4869，身体意外缩小成7岁小学生。

之后新一听从阿笠博士的建议，以江户川柯南为化名寄住在小兰的父亲毛利小五郎的侦探事务所中暗中调查组织的活动。身体变小后推理天份没有减退，因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加。新一本想用毛利小五郎来找出使自己缩小的黑衣组织，无奈小五郎是个迷糊的侦探。