微生物在调试过程中，起到了很重要的指示作用，合格的污水工程师通过显微镜观察活性污泥中微生物的状态就能够很好地用于现场实际工作的调整。

在活性污泥的镜检中，最好的就是例如：小口钟虫、八钟虫、沟钟虫、瓶累枝虫等，主要原因就是这些微生物可以很好的吃掉游离态的细菌，从而净化水质。

注意：如果出现大量鞭毛虫，同时缘毛数量有少，表示污水净化能力很差了；出现大量自有活动的纤毛虫时，也表明系统处理能力不强。

特别注意：当根足虫大量出现时，污泥可能中毒了；当大量累枝虫出现时，污泥可能要膨胀或解体；大量轮虫出现也表明污泥膨胀开始。

关于变形虫：在培养活性污泥的初期阶段，活性污泥很少或基本没用，这时存在大量的变形虫。还有就是当流入水量增大或者负荷冲击很大的时候，变形虫会大量出现。

关于草履虫：在活性污泥培养中期出现，这个时候就证明污泥将要趋于老化了，这个时候要引起重视了，及时的排泥以此来更新污泥是非常重要的。

豆形虫：在活性污泥中，经常在高BOD负荷且低溶解氧的情况下出现，这种情况污水一般不好。