1、概念不同

财政授权支付是指预算单位按照财政部门的授权，自行向代理银行签发支付指令，代理银行根据支付指令，在财政部门批准的预算单位的用款额度内，通过国库单一账户体系将资金支付到收款人账户。实行财政授权支付的支出包括暂未实行财政直接支付的专项支出和公用支出中的零星支出及小额现金的提取。

财政直接支付是指财政部门向中国人民银行和代理银行签发支付指令，代理银行根据支付指令通过国库单一账户体系将资金直接支付到收款人(即商品或劳务的供应商等) 或用款单位(即具体申请和使用财政性资金的预算单位) 账户。

2、 支付范围不同

财政直接支付主要用于工资的支付（国家公务员和事业单位有编制人员的工资）、工程采购支出、货物和服务采购支出。财政授权支付主要用于没有纳入直接支付的零星支出，比如行政单位采购办公用品支出等。

3、使用的零余额账户不同

财政直接支付，需要预算单位向财政部门的国库支付中心申请用款，支付中心向代理银行签发指令，代理银行通过财政的零余额账户向收款人付款。财政的零余额账户只能用于转账不能提取现金。

财政的授权支付，只要在财政授权支付额度内，预算单位用款时自行向代理银行签发支付指令，代理银行通过预算单位的零余额账户付款给收款人，预算单位的零余额账户不仅可以转账也可以提取现金。

参考资料：

百度百科-财政直接支付

百度百科-财政授权支付