羊肚菌在养菌阶段出现绿霉，如果情况轻微，可以局部注射甲醛药物或者克霉灵药物进行治疗，或者覆土处理，用干净的土覆盖2-3cm。杂菌侵袭严重的最好用生石灰处理，连同杂菌和羊肚菌一起灭杀。有绿霉等杂菌侵袭的田地，后期出菇过程应严防高温高湿。

防治羊肚菌绿霉的措施包括：选用优质健壮无污染的菌种；营养袋培养基灭菌一定要彻底；等羊肚菌菌丝在土层内爬上表面在放置营养袋；注意田间管理，播种过程的覆土操作要规范，土壤湿度要理想；外源营养袋的摆放注意避开杂菌位置；杂菌发生严重的田地，不适合第二年再种羊肚菌。

羊肚菌生绿霉的原因：养菌阶段出现绿霉等杂菌，主要是灭菌不彻底引起的，导致裸露的菌种被杂菌侵袭，其他如菌种带杂菌或菌种活力不足；环境卫生过于糟糕；土壤水分偏大；营养袋放置过早，羊肚菌菌丝没有爬上土面就放置营养袋，也会出现这种现象。