三相水合物分解入门经验
来源:网络收集 点击: 时间:2024-04-29【导读】:
模拟使用Materials Studio软件包中的Forcite模块,选择NPT系综、相容化合价力场(CVFF)。水分子采用SPC模型,氧原子和氢原子电荷分别为-0.82e和0.41e;甲烷分子采用五点模型。工具/原料more电脑Materials Studio软件包中的Forcite模块方法/步骤1/6分步阅读
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注意事项
第一:构建甲烷水合物部分,对之前构建的2×2×2 SI型水合物晶胞进行supercell处理,得到2×2×8的超晶胞

第二:构建无定型水分子盒子(含有3.5%质量浓度的钠离子和氯离子)

第三:使用AC模块构建包含532个水分子和6个钠离子和6个氯离子的水盒子,密度取海水密度1.02g/cm3。注意该盒子a、b方向尺寸和水合物晶胞尺寸相同,为2.375nm。

第四:在使用AC建模构建水盒子时,注意使各粒子电荷(钠离子、氯离子、氧原子和氢原子)均为0,并保持cvff力场电荷设置一直使用use current

第五:将得到的离子液体盒子xtd文件复制到一个新的xsd文件中,并对该xsd文件进行一次几何优化,在该次优化前手动设置好各离子和水分子电荷。

第六:同水分子盒子构建过程,使用AC模块构建后,再复制到新的xsd文件中,对xsd文件进行几何优化和短期动力学弛豫,使用build layer 将三个盒子组合在一起。完成模拟

分子模拟参数输入正确
模拟三相
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