禁渔区往往被设置来保护处于特别脆弱的时期和区域的资源种群，包括避免质量和规格尚不符合市场需求的鱼类被捕获上岸和（或）幼鱼被过早地捕获。对幼鱼和成鱼生活于不同区域的渔业，禁渔区制度可有效限定鱼被捕获的最小规格。

比如说为保护生活于其中的幼鱼，渔业管理机关往往禁止在海湾和河口而只允许在远离海岸的水域捕鱼。对于快速生长种类，通过短期限制捕捞，禁渔期制度也可以有效限定鱼被捕获的最小规格。

保护鱼类资源或其他水生经济动物正常产卵、繁殖、幼体成长、越冬及维持其生态平衡的重要措施之一。一般通过国家和地方政府发布法令，或通过国际的渔业协定规定实施。