绩效工资是以对员工绩效的有效考核为基础，实现将工资与考核结果相挂钩的工资制度，绩效工资的存在是合理的。

因此，公司将员工基本月薪拿出一部分作为绩效工资，是基于激励作用，这种做法是合理的。但是是否合法要根据实际情况判断：

1、如果公司与员工签订的劳动合同约定的工资是固定的5000元，则公司发放给员工的工资应不低于5000元。公司将10%拿出来做绩效考核，如果员工达不到绩效要求，发放的工资将少于5000元，这违反了劳动合同的约定，属于违法行为。

2、如果公司与员工签订劳动合同时就约定了工资组成，包括基本工资的最低标准以及绩效工资的相关规定，在双方协商一致的情况下，公司的做法是可行的。

扩展资料：

绩效工资的实施不是简单以奖励和惩罚为目的，而是应该具体明确地细化员工工作，将工作要求形成考核指标，与绩效工资挂钩，从而达到影响整体薪酬的目的。

公司在进行绩效考核的时候可以进行改进和完善：

一、改进

1、每年一次结清绩效工资的加薪总额；

2、把绩效工资同个人和组织的绩效相挂钩。

二、完善

1、必须有精确测量业绩的方法和手段；

2、至少从理论上能证明所采取的绩效工资方案将对员工产生举足轻重的影响；

3、必须清晰地表述绩效工资与工资间的函数关系；

4、对绩优员工能提供改善和提升的机会。

参考资料来源：百度百科—绩效工资

参考资料来源：百度百科—劳动合同法