通过pull down实验探究药物与蛋白的相互作用：不一定是直接相互作用，也有可能是多个蛋白质分子形成了一个复合物，而这种情况用GSTpulldown是没法和蛋白直接相互作用区分的。另外，GSTpulldown是可以研究生理状态下的蛋白相互作用的。

免疫共沉淀一般是用某一蛋白的抗体，在细胞裂解液中与相应的蛋白结果，用ProteinA/G将抗原抗体复合物拉下，最后在拉下的复合物中检测目的蛋白的实验。都是用于检测蛋白相互作用的实验。区别是pull-down一般是验证体外相互作用；免疫共沉淀一般用于检测细胞水平的体内相互作用。

常用鉴定方法

传统的蛋白鉴定方法，如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白comigration分析，或者在一个有机体中有意义的基因的过表达通常耗时、耗力，不适合高流通量的筛选。所选用的技术包括对于蛋白鉴定的图象分析、微量测序、进一步对肽片段进行鉴定的氨基酸组分分析和与质谱相关的技术。