印度尼西亚的主要港口有：井里汉，丹戎不碌，泗水（苏腊巴亚），三宝垄，沙璜，巨港，巴东，万鸦老，望加锡，日惹，雅加达，井里汶，勿拉湾 。

勿拉湾：

位于印尼西北部苏门答腊（SUMATERA）岛东北沿海的纽纳恩（NUNANG）河口，濒临马六甲（MALACCA）海峡西北侧，是苏门答腊的主要港口之一。

井里汶：

印度尼西亚西爪哇省东部港口。滨爪哇海。人口22.3万（1980）。附近盛产甘蔗和稻米，有食品加工、纺织、烟草、化工、肥料等工厂。输出蔗糖、咖啡和化肥。铁路与公路交会点。

丹戎不碌：

丹戎不碌，又称丹戎普瑞克，印度尼西亚首都雅加达的外港，全国最大货运港。

泗水：

泗水港位于印度尼西亚爪洼(JAWA)岛东北沿海的泗水海峡西南侧，隔峡与马都拉(MADURA)岛相望，是印度尼西亚的第二大海港。