因为吃下去的辣椒经过肠胃道的消化，辣椒素没有完全分解便被随大便排出，刺激了肛门粘膜皮肤，所以感觉肛门火辣辣的。

辣椒刺激口腔黏膜，反射性地加强胃的运动。用各种辣椒制成的调味品，人口服后，可增加唾液分泌及淀粉酶活薪盯性。

大剂量口服可产生胃炎、肠财祝追炎、腹泻、呕吐等。曾有报告辣椒对离体动物肠管有抑制及解痉作用。

辣椒可刺激人舌的味觉感受器．反射性地引起血压上升（特别是舒张压），对脉搏无明显影响。

辣椒碱或辣椒制剂对麻醉猫、犬静脉注射可引起短暂血压下降、心跳变慢及呼吸困难，此乃刺激肺及冠脉区的化学感受器或伸张感受器所引起。对离体豚鼠心房则有直接的兴奋作用，对大鼠后肢血管也有收缩作用。

辣椒碱对蜡样芽胞杆暗耕菌及枯草杆菌有显著抑制作用，但对金黄色葡萄球菌及大肠杆菌无效。其枝、叶并无抗菌作用，仅对结核杆菌有很轻微的抑制。10-20%辣椒煎荆有杀灭臭虫的功效。