在药房使用医保卡买药，会直接扣除社保卡中医保账户的余额，由定点药房和社保中心直接结算。

以郑州为例，根据《郑州市职工基本医疗保险办法》第四十一条 参保人员在定点医药机构使用个人账户支付的医疗费用以社会保障卡结算。社会保险经办机构按照个人账户实际发生的医疗费用与定点医药机构结算。

参保人员在定点医疗机构住院发生的医疗费用，应当由个人负担的部分，由本人与定点医疗机构结算；应由统筹基金支付的部分，记帐结算。社会保险经办机构定期与定点医药机构结算医疗费用，预留一定比例的质量保证金。质量保证金根据年度服务质量考核结果按照规定返还。

扩展资料：

《郑州市职工基本医疗保险办法》第二十五条 统筹基金主要用于支付住院医疗费用、门诊规定病种医疗费用和重特大疾病门诊病种医疗费用。

个人账户主要用于支付普通门诊医疗费用、购药费用和住院医疗费用中由个人负担的费用等，个人账户余额不足支付时，超出部分由个人承担。统筹基金和个人账户分别核算，不得相互挤占挪用。

参考资料来源：郑州市政府——郑州市职工基本医疗保险办法