明亮珍珠的主线剧情和老版的基本一致，就是打完八个道馆，击败银河队，挑战四大天王，前往开拓区完成二周目剧情，刷战斗塔。画面非常精美，全是3D建模。

二周目同时可以再次挑战八个道馆，无先后顺序，并与增强版四大天王进行最终战斗。馆主实力明显增强，都是6只68级左右精灵，开场必放出自带天气属性精灵（比如水系道馆开场派牛蛙君下雨，草系道馆开场大晴天等），增强招式威力，配招也都针对克制属性进行了较全面的调整（比如水系精灵会配克制草的急冻光线和克制电的地震）。

明亮珍珠增加的地图板块是地下世界，可以在地上不同地方使用挖矿工具进入地下，捕捉稀有宝可梦。这些宝可梦活灵活现，不仅在地上很难碰到，而且等级高，技能独特，有一定几率携带稀有道具。笔者基本每到一个新城市就要进入地下探索一下。

地下世界还可以根据地图上显示的红点，对着墙挖洞，在墙坍塌之前把里面的宝石挖出来。一般是兑换道具石，也有小概率挖到进化石或者宝可梦石像。

帷幕市道馆旁新设了一家服装店，可以来此地换装，有皮卡丘卫衣风格、赛博风格等，时尚新颖，增添游戏乐趣。笔者几乎一有钱就来这里买一套。

家缘市可以进行华丽大赛，除了画面更加精美，玩法也更加简单，跟着乐点按键就行。要在华丽大赛获得胜利，吃树果增加魅力值是必不可少的步骤。

总体看改版游戏没加什么剧情，未将Mega进化、极巨化、Z招式纳入，玩的有点无聊。