从形成上来说，檀香与沉香最本质的差别是一个是木材，一个不是。檀香是直接取自檀香木的木质芯材，是原本有香气的木材，在正常生长的情况下就有香气。与檀香不同，沉香并不是一种木材，而是有4大科的树种，樟脑科、橄榄科、大戟科和瑞香科这四科树种因受伤，分泌的油脂“结”出的，混合了油脂（树脂）成分和木质成分的固态凝聚物。

从味道上来讲，沉香的味道与檀香的也有着很大的区别。沉香所散发的香味是古朴淡雅的，具有层次透性，而且沉香的香味很多变，就算同一料的沉香，在不同的时间环境下留给人的香味感觉也是不同的。不同产区的沉香香味也不同，比如乳香，花香、果香、蜜香等等，香味丰富。而檀香的香味相对于沉香来说就要单一些了，一般是甜香味。

从手感上来说，由于沉香原材脂厚，加之沉积多年，所以沉香木的材质疏松，在结香后才会散发香气并具备防腐性，在木材导管中会含有黑色的油脂线，油性更大，并且手感厚实，重量较重。而檀香属于小乔木，包浆不如沉香那么厚实明显，质地坚硬、细腻、光滑，纹理通直或微呈波形，生长轮明显或不甚明显。

从稀有上来说，一般的檀香较常见，黄檀、小叶紫檀、红檀、黑檀、绿檀这些经常可以看到。但是沉香与其相比就比较少有了，而且越南将沉香木列为国宝，禁止出口，所以越来越少见到。沉香也根据形成环境而分为土沉、水沉、蚁沉、倒架等等，原材又以奇楠为最好。当然好的沉香不仅是价值连城，而且数量极其稀少。