故事背景 在三国后期，正当刘备与孙权发现中了曹操计谋时，曹操已具有强大的权力与庞大的地域，他们两国也面临了灭亡的地步。刘备与孙权试着想要合力去对抗魏国，但大势已定，两国仍旧灭亡在魏国曹操的手里。魏、蜀、吴三国在穿越时空中展开另一场决战。

在偶然的机会中，面临亡国的他们来到古代的圣王国，上天希望三个不同的时空能统一。心已绝望的他们眼前出现的饰淦髋代圣王国的首都卢因，并发现连接三个时空的门已开启，『地之封印』与『海之封印』的力量结合在一起，打开了时空隧道。吴国与蜀国的军队便消失在古代圣王国的首都卢因，看似平息的三国对立的局面，竟走入了另一个时空的混乱世界.

魏国－古代世界 魏国是以古代世界为科技基础，所有的建筑物都饰淦髋式造型，单位也是属于比较有历史性的造型和装扮，几乎所有的建筑物级单位都是具有双重功能的，像是人力资源住宅可以转换成为几种兵种的研发中心，部队训练所可以自由选择转换成兵战基地或是召唤兽训练中心，机械化巨象可以转换成为箭塔，建筑工人可以转换成为战士...等。

蜀国－科技世界 蜀国是以科技世界为基础，所有的建筑物都是超未来造型，单位也是属于比较科技化的造型，建筑物都是超未来造型，在建设上需要在指挥中心的既定范围内才能建设，而建设的方式是可以不需要机械工人的，只要资源足够，指挥中心可以在建设范围内快速建造。

吴国－魔法世界 吴国是以魔法世界为基础，单位造型也是比较具有想像力，在建筑物的建设上需要在圣殿的既定范围内才能建设，而建设的方式是可以不需使用单位的，是使用圣殿直接建造，一次建设一个建筑物。吴国在建设建筑物的部分，与蜀国相同，在建设上需要在圣殿的既定范围内才能建设。

英雄要素致胜关键 英雄，是二代游戏中的主要特色之一。此次在三国阵营中都有大家耳熟能详的英雄角色，例如蜀国有知名的诸葛亮、关羽、赵云，魏国除了曹操之外，还有司马懿、夏侯淳，吴国则有陆逊和诸葛谨等等。不管是文官还是武将都有可能是英雄，在游戏中是各国的主要角色，其战斗力和防御力都高人一等，加上还可以使用专属的绝招，在各单位兵种中可说是无与伦比的。而且还可以再另外加强能力，等级也可以累积，还可以施展特殊大范围攻击，施展时会有超越视觉极限的精采画面出现。每一位英雄在随着等级的上升的时候，造型上会略作改变，也会增加英雄额外的攻击力，等级越高，加的越多，等级的极限是255级，所以在战斗中如果玩家能够好好地灵活运用英雄的能力，常常是战争致胜的关键。