订阅BLAST工具基因序列的生物信息学分析方法
来源：网络收集 点击： 时间：2024-05-04【导读】：
最近小编收到很多问题，其中一个就是下面小编为大家整理一下关于BLAST工具基因序列的生物信息学分析方法的步骤，希望这些方法能够帮助到大家。方法/步骤1/6分步阅读
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注意事项
首先，使用NCBI对序列进行同源性比对和相似性分析，使用软件DNAMAN5.0和DNAsist20对cDNA序列进行分析得到氨基酸序列。
2/6然后，并推断分子量，采用DNAMAN5.0软件进行氨基酸序列比对，使用SeaView,以邻位相连法构建系统进化树。
3/6然后，利用绝对荧光定量PCR检测IRF3基因，以pMD18-IRF3a为模板按照质粒提取试剂盒的说明提取质粒。经微量核酸测定仪测定质粒的浓度及纯度，并依据公式:质粒拷贝数=(6.02x1014x质粒浓度)/[16,计算出质粒的拷贝数。
4/6然后，将标准质粒用双蒸水稀释成1010~10?copies/uL的9个梯度，选取107、100、105、104、103、10这6个梯度作为模板，以IRF3F3和IRF3R3(表1)为特异引物，进行荧光定量PCR反应，每个反应设置3个重复。
5/6然后，反应在Chromo4Real-TimeDetectionSystem(MJResearch)上进行，实验操作根据GreenTwo-StepqRT-PCRSuperMix荧光定量PCR试剂盒说明进行，反应体系为20μL。
6/6最后，反应程序为:95°C预变性30s;95C变性5s;57°C退火15s,72°C延伸15s,共45个循环;55°C30s,每30s升温0.5C,共进行81个循环达到95°C。反应结束后对扩增曲线和熔解曲线进行分析，制作标准曲线。
注意事项上述方法为小编整理所得，希望能够帮助到大家。
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