1、类型不同

专业工程分包是指建筑工程总承包单位根据总承包合同的约定或者经建设单位的允许，将承包工程中的专业性较强的专业工程发包给具有相应资质的其他建筑业完成的活动。

指定分包工作属于承包商无力完成，不属于合同约定应由承包商必须完成范围之内的工作，即承包商投标报价时没有摊入间接费、管理费、利润、税金的工作。

2、管理内容不同

专业分包条件下，总承包方履行的职责主要是专业分包项目（分部分项）施工过程、施工资料、进场材料设备质量状况的监督检查，即符合性管理；由于指定分包商终究是业主选定的，而且其工程款的支付从暂列金额内开支，因此，在合同条件内列有保护指定分包商的条款。

3、责任范围不同

专业工程分包条件下，总分包双方要对分包工程及其质量向发包人负责；除非由于承包商向指定分包商发布了错误的指示要承担责任外，对指定分包商的任何违约行为给业主或第三者造成损害而导致索赔或诉讼，承包商不承担责任。

参考资料来源：百度百科-专业工程分包

参考资料来源：百度百科-指定分包商