交错的两位名侦探剧情如下：

高中生大侦探金田一受一个高中同学之托前往一个叫夕暗岛的南方小岛，巧合的是小学生大侦探江户川柯南（其实是高中生大侦探工藤新一）也为了解开一个神秘的谜团而来到了岛上。两个名侦探就在夕暗岛上完成邂逅，并一起面对即将到来的一场迷雾重重的腥风血雨。

故事经历

江户川柯南、灰原哀和阿笠博士等人拿到一些去夕暗岛的船票，被小岛元太、圆谷光彦和吉田步美听到后也致以要一起去，后来小兰（本名毛利兰）和父亲毛利小五郎也一起去了。

而在他们去的同时金田一一、七濑美雪和剑持勇也一起去了。柯南他们去夕暗岛的原因是调查夕暗岛传出发生了可怕的事件。

许多人都相继失踪，人们都说那是他们去了一个和夕暗岛一模一样但又不是夕暗岛的地方，所以他们决定去调查情况。而金田一他们去夕暗岛的原因是和金田一和美雪他们曾经是同班同学的美佐写了一封信给金田一说她所住的岛上发生了可怕的时间，希望他们能前去救助。