内部结算：如果企事业单位有自己的财务部门，可以将职工食堂费用通过内部结算的方式入账。具体做法是，在财务系统中设立一个专门的账户，将职工食堂的收入和支出记录在该账户下，并进行核算和结算。

预付款制度：职工可以提前按照一定标准或比例预付食堂费用，预付款通过财务部门入账，用于食堂的日常运营和采购。随后，食堂在员工用餐时扣除相应的费用，并在财务上进行抵扣或结算。

工资代扣：食堂费用可以直接从员工的工资中扣除。企业与职工签订协议，在每个工资周期内从职工工资中扣除相应的食堂费用，并将扣除的费用入账到公司收入中。