小番茄在定植后结果前，要进行壮苗发棵，这时生长出的侧枝，不要急于去掉，一般在侧枝长到10CM左右时再去掉，这样可以促进根系的生长和植株的健壮。

小番茄保护地生产中一般采用单干吊秧整枝的较多，即只保留一个主蔓，其余侧枝都去掉。在植株生长到一定高度时可以通过落蔓的方式降低高度。

在露地生产或是保护地用竹杆搭架栽培的，多在初期采用双干整枝的方式进行栽培，即除主蔓外，再保留一个侧枝作为另一个主蔓培养。有的从开始到结束一直保留双干整枝的方式进行生产；也有的只是在头3~4穗果保留双干整枝，再向上生长的，采用多干整枝，以让其多座果，选择生长健壮，向外生长的侧枝进行保留，向里生长或生长过密的侧枝去掉，以利通风透光。

在培养小番茄树的栽培形式中，一般是在生长初期选择保留4~6个侧枝进行多干整枝，直到长到一定的高度在架材上进行固定，各侧枝上生长的侧枝进行选择性保留，以造型为主，去掉过密的侧枝，去掉防碍造型的侧枝。

一般去侧枝选择在晴天的上午进行，连阴天、雨天或空气湿度较大的时候尽量不打侧枝，以防侧枝的伤口处感病腐烂。

在去侧枝时，感染病毒病的植株要放在最后打侧枝，不要与健康植株一块去侧枝，以免引起病毒交叉感染。

在去一遍侧枝后，可以及时喷施一次杀菌药剂，以防止病害的发生。